テレワーク・フレックスタイム制の導入実務｜中小企業人事の労務管理と就業規則

「在宅勤務を認めたい」「出退勤の時間を社員に任せたい」。経営者や社員からそう言われたとき、人事が最初に整理したいのは、働く場所を変えるのか、働く時間の決め方を変えるのかです。

テレワークとフレックスタイム制は別の仕組みです。 併用はできますが、必要なルールや手続は同じではありません。制度名だけを決めて始めると、勤怠、給与計算、費用負担、就業規則の間で食い違いが生じます。

この記事では、中小企業の人事担当者が導入の相談を受けてから、何を確認し、何を決め、どの規程・協定を整えるかを整理します。制度全体の位置づけを先に確認したい場合は、働き方改革の全体像と主要制度も参照してください。

制度・法令は2026年10月9日時点の一次資料で確認しています。対象は、会社に雇用される社員の勤務制度です。

1．テレワークとフレックスタイム制の違いを整理する

テレワークは、情報通信技術を使って事業場の外で働く勤務形態です。この記事では、リモートワークという呼び方も含め、公的資料に合わせて「テレワーク」と表記します。

フレックスタイム制は、一定期間の総労働時間を定め、その範囲内で社員が各日の始業・終業時刻を決める労働時間制度です。

比較する点	テレワーク	フレックスタイム制
柔軟にするもの	働く場所	始業・終業時刻、日ごとの労働時間
主な形態・設定	在宅、サテライトオフィス、モバイル勤務	清算期間、総労働時間、任意のコアタイム等
勤務時間との関係	現在の固定時間勤務のままでも実施可能	オフィス勤務でも利用可能
整えるルール	対象者・場所・申請・勤怠・費用・情報管理等	就業規則等の規定と、フレックスに関する書面の労使協定
導入時に注意すること	在宅だから労働時間管理が不要になるわけではない	本人に始業・終業の決定を委ねる実態が必要

在宅勤務は自宅で働く形態、サテライトオフィス勤務は主たるオフィス以外の拠点やシェアオフィス等で働く形態、モバイル勤務は外出先等の場所を利用する形態です。「どこでも働いてよい」とせず、会社が認める場所と許可基準を決めます。厚生労働省：テレワークガイドライン

たとえば、通勤負担を減らすなら固定時間の在宅勤務、出社しながら通院等に合わせて時間を調整するならフレックスタイム制、場所と時間の両方を調整するなら併用が候補になります。どちらか一方から始める設計も可能です。テレワーク総合ポータル：利用できる労働時間制度

2．導入前に人事が確認するチェックリスト

導入準備は、次の順で進めると判断を整理できます。チェック欄は、社内の準備状況を確認するためのものです。

導入目的を確認 → 対象者・対象業務を決める → 勤務場所・勤務時間のルールを決める → 労働時間の把握方法を決める → 費用・機器・セキュリティを決める → 就業規則・規程・労使協定を整える → 社員へ説明 → 試行運用 → 本運用・見直し

確認	工程	人事が確認・決定すること	残すもの
□	目的の確認	誰のどの困りごとを解決するか。導入後に何を確かめるか	目的と評価項目
□	対象者・業務	対象範囲、出社が必要な作業、対象外にする理由	対象者・業務一覧
□	場所・時間	許可場所、利用日数、申請、連絡、適用する時間制度	勤務ルール案
□	労働時間の把握	始業・終業、休憩、中抜け、残業の記録と確認担当	勤怠の記録・確認手順
□	費用・機器・情報管理	負担者、貸与・返却、精算、アクセス、事故連絡	費用表・機器台帳・情報管理ルール
□	規程・協定	規則本体と別規程、労使協定、届出、契約との整合	必要書類と手続一覧
□	社員への説明	本人・上司・給与担当が同じ運用を理解しているか	説明資料・相談窓口
□	試行	対象、期間、評価日、勤怠と給与計算の確認方法	試行計画・確認記録
□	本運用・見直し	困りごと、負担の偏り、未処理事項、変更手続	見直し結果・改定履歴

各工程に担当者と期限を付けます。ひとり人事でも、経営者には目的と費用、現場責任者には業務と連絡、情報管理担当には端末とアクセス、給与担当には時間集計を確認してもらいましょう。

導入目的は、期待する効果と確認方法をセットにする

「社員が働きやすくなるはず」だけで終えず、たとえば「通勤負担の軽減を希望する社員が、週に何日利用できるか」「顧客対応を維持しながら勤務時間を調整できるか」と具体化します。

導入しただけで生産性、満足度、採用競争力が向上すると決めつけることはできません。試行では、勤怠の修正件数、連絡の行き違い、業務の遅れ、費用、本人と周囲の負担を確かめます。評価項目は自社の目的に合わせて選びます。

対象者は雇用形態だけで決めず、対象業務と一緒に考える

社員が担当する仕事を「社外でできる作業」「現場や機器が必要な作業」「情報管理上の対策が必要な作業」に分けます。職種全体を対象外にする前に、業務の一部だけ切り出せないかを検討します。

厚労省のガイドラインは、正社員・非正規社員という雇用形態の違いだけを理由にテレワーク対象から除外しないよう留意を求めています。新人への支援や、出社する社員に電話・郵便対応等が集中しないかも確認します。テレワークガイドライン：対象業務・対象者

3．勤務場所・勤務時間と、労働時間の把握方法を決める

固定時間勤務を続けるか、フレックスを導入するか

まず、現行の就業規則、雇用契約、労働条件通知書を確認します。固定時間のテレワークで足りるのか、時差出勤で対応するのか、日ごとの労働時間も本人に委ねるフレックスタイム制が必要なのかを整理します。

フレックス対象者とテレワーク対象者の範囲は別々に決められます。併用する場合でも、出社日と在宅日で何が変わるのか、連絡・会議・休憩・休日のルールを社員に説明できる状態にします。

始業・終業を記録し、実際の勤務と照合する

テレワークでも、労働基準法などの労働基準関係法令が適用されます。場所を変えても、労働時間、賃金、安全衛生等の管理がなくなるわけではありません。テレワーク総合ポータル：法令の適用

勤怠システム等で日ごとの始業・終業、休憩を記録し、パソコンの使用記録などの客観的な記録を基礎として確認します。ただし、パソコンの起動時間すべてが労働時間になるとは限りません。紙の資料を読む、電話で対応するなど、画面操作をしない業務もあります。

自己申告を使う場合は、社員と管理者に記録方法を説明し、ログ等と著しく食い違うときに確認・補正します。「申告できる残業は月○時間まで」と実績の申告を妨げる運用は避けます。フレックスでも、日々の実際の労働時間を把握する必要があります。厚生労働省：フレックスの労働時間把握

中抜けは、把握方法と賃金上の扱いを先に決める

自宅勤務では、私用等で一時的に業務から離れる「中抜け」が生じることがあります。公的資料では、次のような扱いが示されています。

• 中抜けを把握し、休憩として扱う。必要に応じて本人の希望や制度に沿って終業時刻を繰り下げる、フレックスの清算期間内で勤務時間を調整する。
• 中抜けを把握せず、通常の休憩を除いた始業から終業までを労働時間として扱う。

どの方式を使うか、申告の時期や記録方法も含めて就業規則等に定めます。記録しないまま推定時間を差し引く運用にしないことが大切です。テレワーク総合ポータル：中抜け時間

時間単位の年次有給休暇を使う方法もありますが、導入には労使協定が必要で、年5日以内などの条件があります。本人の請求による年休と、中抜けの事実は別に扱い、自動的に年休へ振り替えません。詳しくは年次有給休暇の管理実務で確認してください。

労働時間が6時間を超える場合は45分以上、8時間を超える場合は1時間以上の休憩を労働時間の途中に与える必要があります。休憩中に電話対応等を求める運用も点検します。労働基準法34条

4．テレワークでも残業・休日・深夜労働を管理する

残業の承認ルールと、実際の労働時間を分けて確認する

残業や休日勤務は、申請先、承認手順、緊急対応の連絡先を決めます。同時に、承認ルールと実際に働いた時間の把握を分けます。

「事前承認がない」という理由だけで記録を削除せず、業務指示、上司の認識、実際の作業等を確認します。労働時間に当たる勤務については、必要な賃金計算と上限管理を行います。勤務時間外のメールやチャットへの対応を当然の前提にしないことも重要です。

法定時間外労働や法定休日労働を行わせる場合は、36協定の締結・届出と、その範囲内での運用が必要です。深夜労働は22時から翌5時で、法定時間外や法定休日とは別に割増を確認します。36協定の上限・代表者選出・届出の実務

「在宅だから、みなし8時間」としない

事業場外みなし労働時間制は、事業場の外で働き、労働時間の算定が困難な場合の制度です。在宅勤務という場所だけで適用を決められません。

テレワークについて公的資料は、情報通信機器を使用者の指示で常時通信可能な状態に置くこととされていないこと、随時の具体的な業務指示に基づいて働いていないこと等を示しています。常時の即応を求めたり、作業と時間を細かく指定したりする運用なら、条件を慎重に確認します。テレワーク総合ポータル：事業場外みなしの適用条件

適用を検討する場合は、実際の指示・通信・業務の状況と法的要件を照合します。勤怠管理の手間を減らす目的だけで選ぶ制度ではありません。

5．フレックスタイム制で決める項目と必要な手続

フレックスタイム制の導入には、就業規則その他これに準ずるものへの規定と、事業場単位の書面による労使協定が必要です。就業規則等には、社員に始業・終業時刻の決定を委ねることを定めます。

協定の相手は、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合はその組合、ない場合は適正に選ばれた過半数代表者です。会社が指名する方法ではなく、協定を締結する代表者を選ぶ目的を明らかにして投票・挙手等で選出します。労働基準法32条の3、施行規則6条の2・12条の3

決める項目	内容	確認点
対象労働者の範囲	適用する部署、職種、個人等	テレワーク対象者と別に明記
清算期間と起算日	労働時間を清算する期間	3か月以内。給与締日との関係も整理
清算期間中の総労働時間	期間内に働く所定労働時間	原則として法定労働時間の総枠内
標準となる1日の労働時間	1日年休の賃金清算等に使う時間	協定に必ず定める。毎日の最低勤務時間とは別
コアタイム	必ず勤務する時間帯	任意。設ける場合は開始・終了時刻を明記
フレキシブルタイム	本人が勤務時刻を選べる時間帯	制限を設けるかは任意。設ける場合は開始・終了時刻を明記
協定の有効期間	協定が有効な期間	清算期間が1か月を超える場合は定める必要がある

コアタイムは必須ではありません。設ける日と設けない日を分けることもできます。ただし、コアタイムを長くしすぎたり、選択できる時間帯を極端に短くしたりして、実質的に会社が始業・終業を固定する設計は避けます。コアタイムなしでも、所定休日はあらかじめ定めます。兵庫労働局：フレックスタイム制の導入要件

清算期間が1か月を超える場合は、協定届が必要

清算期間が1か月を超える場合は、フレックスに関する労使協定を所轄労働基準監督署長へ届け出ます。様式は第3号の3です。1か月以内の場合、この協定の届出は不要ですが、協定の締結は必要です。e-Gov：清算期間が1か月を超えるフレックス協定届

フレックス協定の届出、36協定の届出、就業規則の変更届は、それぞれ別の手続です。必要書類を一つの届出で済ませたつもりにならないよう、一覧で管理します。

6．フレックスタイム制の時間外労働と給与計算を整える

「所定の総労働時間」と「法定労働時間の総枠」を分ける

協定で決める所定の総労働時間と、法律上の時間外労働を判定する総枠は同じとは限りません。原則的な法定総枠は、週40時間×清算期間の暦日数÷7で求めます。

たとえば清算期間が28日なら、原則的な法定総枠は160時間です。所定の総労働時間が154時間、実労働時間が158時間なら、所定を4時間上回りますが、そのことだけで法定時間外労働になるわけではありません。所定超過分の賃金は、賃金規程・協定等に沿って処理します。

この例は、週40時間の原則が適用され、法定休日労働・年休算入・特例がない場合です。特定業種の常時10人未満の事業場には、清算期間1か月以内等を条件とする週44時間の特例があります。また、週所定労働日数が5日の社員には、別途協定による総枠の特例があります。自社で使う場合は条件を確認してください。厚生労働省：フレックス導入の手引き

1か月以内の清算と、1か月を超える清算を区別する

清算期間が1か月以内の場合、原則として期間中の実労働時間が法定総枠を超えた時間を、法定時間外労働として計算します。制度が適法に導入されていれば、ある日に8時間を超えたことだけで直ちに法定時間外労働とはなりません。

清算期間が1か月を超える場合は、次の二段階で確認します。

1. 清算期間の開始から1か月ごとに区分し、各区分の週平均50時間を超えた実労働時間を時間外として計上する。最後に1か月未満の期間が生じる場合も確認する。
2. 清算期間全体では、法定総枠を超えた実労働時間から、1で既に時間外として計上した時間を除き、追加の時間外を計算する。

週平均50時間は、そこまで自由に働かせてよいという基準ではありません。 超える労働には36協定と割増賃金が必要です。1で生じた割増は清算期間末まで待たず、対応する賃金支払日に支払います。法定の上限や36協定の範囲も並行して管理します。厚生労働省：1か月超のフレックスと上限規制

法定休日と深夜労働は、総時間の調整で消えない

法定休日に働いた時間は、フレックスの清算期間の総労働時間や時間外労働と別に扱います。「別の日を短くしたから休日割増は不要」とはなりません。法定休日労働には35％以上、深夜労働には25％以上の割増を確認します。深夜割増は法定総枠内の勤務でも必要です。

法定時間外労働の割増は原則25％以上、月60時間超の部分は50％以上です。休日・深夜との重なりも区分して計算します。単なる会社の所定休日と法定休日を区別し、時間外・休日を合わせて判定する上限にも注意します。労働基準法36・37条

給与担当には、実労働時間、法定休日労働、深夜労働、年休の清算算入時間、月区分の時間外、清算末の追加時間外を分けて渡します。清算途中の入退社・異動では、実際に制度が適用された期間での精算も確認します。

7．年休・欠勤・遅刻早退を、フレックスの仕組みに合わせる

フレックス対象者が1日年休を取得した場合は、協定で定めた「標準となる1日の労働時間」を働いたものとして賃金清算に算入します。年休分は実際に働いた時間と区別して記録し、法定時間外労働の判定にそのまま加えないようにします。

標準時間が8時間でも、ある日に6時間働いたことだけで、直ちに2時間の欠勤になるわけではありません。本人が選べる時間帯での始業・終業の調整を、通常の固定時間勤務と同じ遅刻・早退として処理しないことが必要です。

一方、コアタイムに勤務しない場合の扱い、丸1日の欠勤、清算期間の総労働時間に不足する場合の扱いは、規則・協定・賃金規程に沿って整理します。申請を伴う休暇と、総時間の不足を混同しないようにしましょう。

清算期間の超過時間を翌期へ持ち越して相殺することはできません。不足時間を繰り越す設計には、翌期の法定総枠内に収める等の条件があります。安易に自動繰越とせず、控除・清算のルールを確認します。厚生労働省：フレックスの時間過不足

年休の付与、年5日の取得管理、時間単位年休の協定は、年次有給休暇の管理記事で詳しく確認できます。

8．テレワーク規程で決める項目をそろえる

テレワークのルールは就業規則本体に追加する方法と、別の勤務規程にまとめて本体から参照させる方法があります。別規程にする場合も、就業規則の一部として扱う内容は、必要な変更・届出・周知の対象です。

規程で決める項目	内容	関連する確認先
対象者・対象業務	適用範囲、利用条件、対象外の理由	現場責任者・本人
勤務場所・実施日	認める場所、利用頻度、場所変更、出社指示	労働条件通知書・申請書
申請・承認・中止	申請期限、承認者、緊急時、取消・中止の条件	運用手順
勤務時間・勤怠	適用制度、始終業、休憩、中抜け、残業等	勤怠設定・フレックス協定
連絡・業務報告	通常連絡、会議、障害・災害時の連絡先	上司・チーム
費用負担	通信、光熱、機器、備品等の負担者と精算方法	経理・賃金規程
機器の貸与・返却	貸与品、私物利用条件、故障、返却・データ削除	機器台帳・情報管理担当
情報セキュリティ	アクセス、情報持出し・保管、第三者閲覧、事故報告	情報管理規程
安全衛生・相談	作業環境、健康管理、事故報告、相談窓口	安全衛生担当・本人

規程例はそのまま使わず、現行規則と自社の勤怠・給与設定に合わせます。規則の作成・変更・届出・周知の詳しい手順は、就業規則の作成・見直し入門を参照してください。

通信費・光熱費・機器・備品の負担を明示する

費用ごとに「会社貸与」「実費精算」「一定額支給」「本人負担」のどれにするかを整理し、上限、事前承認、領収書、故障時の対応を決めます。社員に過度な負担を生じさせないよう、労使で話し合います。

就業規則の作成義務がある事業場で社員負担を定める場合、その事項は就業規則に規定する必要があります。作成義務がない場合でも、本人負担を伴う労働条件の変更は労使の合意を確認し、書面に残すことが望ましいとされています。テレワーク総合ポータル：費用負担

情報セキュリティと作業環境を、利用開始前に確認する

情報管理担当と、会社端末・私物端末の利用条件、認証、接続方法、更新、紙資料の持出し・廃棄、家族等の第三者による閲覧防止、紛失時の報告を決めます。人事だけで技術対策を判断せず、社員が守る手順として説明できる形にします。

在宅でも必要な健康診断や長時間労働への対応は続きます。自宅の作業場には事務所衛生基準規則等が一般に直接適用されない部分がありますが、会社は同等の安全衛生水準を目指して教育・助言し、本人と作業環境を確認・改善します。会社が提供するサテライトオフィスとは区別して考えます。

照明、机と椅子、姿勢、換気・温度、配線や転倒の危険、休憩の取りやすさを点検し、難しい場合は別の勤務場所も検討します。孤立や体調変化を相談できる窓口も決めます。厚生労働省：ガイドラインと作業環境チェックリスト

9．就業規則・協定・労働条件を整え、社員へ説明する

常時10人以上の労働者を使用する事業場では、就業規則の作成・変更時に、過半数組合または過半数代表者の意見を聴き、意見書を添えて監督署へ届け出ます。社員への周知も必要です。人数は会社全体だけでなく、事業場単位で確認します。

10人未満でも、フレックスタイム制には就業規則に準ずるもの等の規定と労使協定が必要です。テレワークのルールも書面で整え、社員に説明しましょう。テレワーク総合ポータル：就業規則の見直し

労働条件通知書では、雇入れ直後の就業場所・業務と、その変更の範囲を確認します。テレワークを通常予定する場所も反映します。既存の契約や規則の範囲を超える変更は、本人との合意等を確認します。不利益を伴う変更を、規程の追加と周知だけで済ませないようにします。労働基準法施行規則5条

社員説明では、申請、打刻、中抜け、残業、費用請求、通信障害、年休の具体的なケースを使います。上司と給与担当も参加し、問い合わせ先を一つにまとめると運用の食い違いを確認しやすくなります。

育児・介護の両立支援とは、制度の接点を確認する

柔軟な勤務制度は育児・介護との両立に使える場合がありますが、テレワークやフレックスを導入しただけで、育児・介護休業法上の必要な措置をすべて満たすとは限りません。

本人の希望と必要な措置を確認する手続は、産休・育休・産後パパ育休の対応と、介護相談からの両立支援へつなげます。この記事では、勤務制度の具体的な運用を整えることに重点を置きます。

10．試行運用で確認し、本運用後も見直す

試行は、対象者、期間、評価日、相談窓口を決めて始めます。試行でも、必要な規定・協定・届出・労働条件の確認を済ませておきます。「試しに始めるから書類は後で」としないことが大切です。

最初の勤怠締めでは、始終業の記録、中抜け・休憩、残業、年休、費用請求を照合します。フレックスは日々の時間記録に加え、所定総時間、法定総枠、月区分の50時間基準、36協定の上限を確認します。

本運用を決めるときは、目的がどこまで実現したか、出社する社員への負担、連絡、給与計算、情報管理、作業環境の問題を整理します。変更が必要なら、規則・協定・勤怠設定・説明資料を一緒に見直します。

導入相談を受けた人事がまず用意したいのは、目的、対象業務、現在の勤務制度、決める項目、担当者と期限をまとめた1枚の確認表です。そこで未決事項を見える形にし、現場と給与担当が同じルールで運用できるところまで整えましょう。